明万历十年(1582)忻城县土司莫镇，在今县城所在地的翠屏山北麓，兴建忻城土司衙门。从此，历经明、清、民国，直至建国初期，忻城县政府机关均设置在这里。

1955年，县人民政府机关迁到斜对面的盘鹤岭上。

1963年，土司衙门被定为广西壮族自治区重点文物保护单位，县文化馆分工代管文物工作，并于当年进行全面维修。

1984年4月，忻城县文物管理所成立。

1987年，改文管所为忻城县土司博物馆，馆址设置在土司衙门内。

位于忻城县城关镇西宁街翠屏山北麓，座南朝北，是一座规模宏大，布局合理，结构严谨，造型典雅、别致，具有宫庭侯门气派的古代建筑群，占地总面积2.1万平方米。衙署于明代万历十年(1582)始建，至清朝光绪三十二年(1906)土司制度被废除后，改为弹压公署。至今经历了420多年的历史。它是广西乃至全国现存古建筑保存最完整、历史最长的土司衙署。l996年经国务院批准列入国家重点文物保护单位。 整座衙署由中轴线(衙署)、东轴线(祠堂)、西轴线(代理土司官邸)及大夫第、参军第、礼房、卡房等建筑组成。 主体建筑由照壁、大门、牢房、兵舍、正堂(即头堂)、长廊(亦称花郎)、东花厅、西花厅、二堂、东厢房、西厢房、三堂、后苑(即闺房)等组成，建筑面积3100平方米。照壁长25米、高5米。照壁前为小广场，面积270平方米。照壁与大门之间为街道，有两座跨街辕门，东辕门门楣浮雕“粤西边隅”(已毁)；西辕门书“庆南要地”。 大门左右两侧各镌一尊1．7米的石狮和一对石鼓。大门廊上立两根格木柱子，柱上悬挂一副雕刻楹联。联语云:“守斯土莅斯民，十六堡群黎谁非赤子/辟其疆治其赋，三百里区域尽隶黄封”。跨入大门即仪门，仪门平时不开，走两边过道，唯逢喜庆节日或上峰头面人物到来方开。仪门后是院落，中有一条龟背青砖路直通正堂。东面是牢房，分前后两栋。牢房有男女之分，轻重之别，内设铁镣、木枷等刑具。西面是兵舍，亦分前后两栋，内驻土兵，负责保卫衙署安全和看守犯人。 沿院中道路上四级台阶即为一宽80平方米月台。月台上置有铁炮四门，地炮三门，为土官出巡或庆贺时鸣放。接月台即正堂，为三开间，共有l8根柱子支撑天面，两侧山墙只起挡风作用。前面宽敞明亮，是土官审案或进行政治活动的场所。堂正中置公案，案上置有惊堂木块及令牌、笔、墨砚等。案桌后是活动屏风，上悬有“明镜高悬”巨匾，左右分别置大鼓、大锣各一面，各种兵器罗列有序， “回避”、 “肃静”大牌字高耸，显得气氛森严可怖。